第三季紧接前季，第二独立团抵达查尔斯顿七个月后，这座避难所已被指定为“新美利坚合众国”的首都。Tom Mason虽被推选为政治领袖，却不愿困于办公室，仍频繁亲自带队执行侦察与突袭任务，令同僚与家人担忧。与此同时，查尔斯顿内部出现权力倾轧，部分议员对Tom的领导方式提出质疑，而外星势力“埃斯芬尼”也调整战略，利用人类叛徒渗透抵抗阵营。本季主线聚焦于Tom在领袖与士兵双重身份间的挣扎，以及他与儿子Hal、Ben之间因外星影响而加深的隔阂。第二独立团遭遇新型外星武器与更狡猾的战术，损失惨重。另一方面，查尔斯顿科学家对捕获的外星科技展开逆向研究，试图破解其通讯与能源系统，却意外触发更危险的连锁反应。随着“火山行动”的推进，Tom发现外星人并非铁板一块，部分族群对占领地球持有异议。他试图利用这一裂隙，联合异见者，却不得不面对牺牲与背叛的抉择。季末，一场针对查尔斯顿的大规模围攻战爆发，Tom在保卫家园与拯救人性之间做出关键决定，为第四季埋下重大悬念。